《上海中医药杂志》在我国中医学界享有较高的学术声誉和广泛的影响，曾多次被《中文核心期刊要目总览》收录。目前为《中国科技核心期刊》《中国生物医学核心期刊》《RCCSE中国核心学术期刊》《国家学位与研究生教育指定中文期刊》《中国生物医学文摘》和《中国药学文摘》源期刊，并被日本科学技术振兴机构（JST）数据库、美国乌利希国际期刊指南（UPD）、中国知网（CNKI）、中国生物医学文献数据库（SinoMed）等国外、国内知名的检索系统收录。 获奖情况：近年来，《上海中医药杂志》办刊质量、期刊品牌影响力及社会效应持续显著提升，复合影响因子1.417（2021），综合影响因子1.057（2021），进入中医药学科Q1区。2019年《杂志》刊载论文获评中国科协“第四届优秀科技论文遴选计划”优秀论文（全国范围中医药科技期刊中入选论文仅5篇）；2019年入选T2级优秀中医药科技期刊分级目录（国际上知名和非常重要的较高水平权威期刊）；2019年在上海市期刊编校质量检查中获编校质量优秀奖；2020年获中华中医药学会编校质量优秀奖；2020年获评中国高校优秀科技期刊；2020年“新冠肺炎专栏”42篇论文入选世界卫生组织COVID-19数据库；2020年入选第27届北京国际图书博览会（BIBF）”中国精品期刊展”，2021年获第四届上海市高校优秀科技期刊奖、中国期刊设计艺术周优秀封面设计奖。