普通羊肚菌密码子偏好性分析

摘要：

采用CodonW1.4.2软件和CUSP程序,以普通羊肚菌(Morchella conica)全基因组蛋白质编码序列(coding sequence,CDS)为对象,解析了该菌的有效密码子数(effective number of codon,ENC)、密码子3个位点的 GC含量、相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和高表达优越密码子。结果表明：普通羊肚菌全基因组密码子第2位密码子的 GC含量明显低于第1位和第3位,第3位密码子与第1位含量差异不大,分别为57.8%和56.8%,RSCU 值大于等于1的密码子总共35个,其中以 G 或 C 结尾的25个,占71.4%,确定了25个高表达优越密码子。

关键词：普通羊肚菌、编码序列、密码子偏好性、优越密码子

所属期刊栏目：23

分类号：S53;R5

资助基金：上海市农委项目[沪农青字2016第1-16号]、[沪农科攻字2015第5-6号]和[沪农科攻字2015第6-1-5号]资助

在线出版日期：2016-08-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：13-17