香菇EST-SSR标记的开发及应用

摘要：

从NCBI中下载了12 184条香菇(Lentinula edodes)表达序列标签(expressed sequence tag,EST)序列,处理后得到全长3 681 177 bp的4 684个Unigene.在其中共发掘出142个简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),分布于120条EST中,分布频率为2.99% (平均分布距离:25.924 kb).其中,单、二、三核苷酸重复是主要的重复类型,A/T,AG/CT,ACG/CTG是单、二、三核苷酸的主要重复基序,分别占所有EST-SSR的23.23%、21.83%和10.56%.利用引物设计软件PrimerPremier5.0设计了40对引物,并利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶在18个香菇品种中进行检测.其中,22对引物为多态性引物,多态率为55%.应用NTSYS软件的聚类方法分析表明,18份材料遗传相似系数范围为0.375～0.984,与前人研究结果相符.

关键词：香菇、EST序列、SSR标记、多态性、遗传多样性

所属期刊栏目：17

分类号：S60;S64

资助基金：上海市农业遗传育种重点实验室开放课题"香菇EST-SSR标记的开发、鉴定及其在种质资源多样性分析中的应用"shagb2009-03的部分研究内容

在线出版日期：2010-09-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1-6