岗梅全长转录组测序及其三萜皂苷生物合成相关基因的挖掘

摘要：

目的:获得岗梅全长转录组数据库,为深入挖掘岗梅功能基因奠定基础.方法:采用基于PacBio Sequel平台的单分子实时测序技术获取岗梅的根、茎、叶样品的转录组数据,并利用非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、SwissProt蛋白序列数据库、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、基因本体(GO)进行注释,分析并鉴定编码三萜皂苷生物合成的关键酶的转录本.结果:全长转录组共获得89 629 个转录本,其中 81 313 个在公共数据库进行了注释.KEEG代谢通路富集分析表明,623 个转录本参与岗梅中三萜皂苷合成相关的 3条代谢通路,其中 263个转录本编码了三萜皂苷生物合成途径的 21个关键酶.此外,还预测了2471 个转录因子、40 421 个简单重复序列位点、22 119 个长链非编码RNA(lncRNA)和 29 131 个mRNA.结论:丰富了岗梅的转录组数据,并为鉴定参与三萜皂苷和其他次生代谢物生物合成的候选基因提供参考,促进其分子生物学和基因组学的研究.

关键词：岗梅、全长转录组、测序分析、功能注释、三萜皂苷生物合成

所属期刊栏目：25

分类号：R282(中药学)

资助基金：广西创新驱动发展专项;广西科技计划项目;科技基础资源调查专项;对发展中国家科技援助项目;广西农业科技创新联盟项目;国家中医药管理局中医药创新团队;人才支持计划项目

在线出版日期：2023-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：1515-1528