九里香全长转录组测序分析

摘要：

目的:获得九里香Murraya exotica L.Mant.全长转录组数据库,为深入挖掘其全长基因信息提供参考.方法:利用Pacino Sequel平台的第三代测序技术,对九里香的根、茎、叶、花、果混合样品进行全长转录组测序,并对原始转录组数据进行分析.结果:共获得 94 435 个转录本,平均长度为 76 476.23 bp,80 583 条环形一致性序列,通过聚类、校正和去冗余后最终得到 108 443 个高质量的isoforms,其中在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt共注释了 100 219 个isoforms,同时检测出 34 182 个简单序列重复(SSR)位点,其中 18 482个单核苷酸数量占主导位置;检测了 2574 个转录因子,29 592 个长链非编码 RNAs(lncRNAs)和 30 322 个mRNAs.结论:获得了较为可靠的九里香全长转录组数据,为深入研究九里香的生长发育、相关代谢途径、功能基因利用、基原物种鉴定等提供数据参考.

关键词：九里香、单分子实时测序技术、简单序列重复标记、功能注释

所属期刊栏目：25

分类号：R282(中药学)

资助基金：广西创新驱动发展专项;广西自然科学基金项目;广西自然科学基金项目;国家中医药管理局中医药创新团队;人才支持计划项目;广西农业科技创新联盟项目;科技基础资源调查专项;对发展中国家科技援助项目;广西科技计划项目

在线出版日期：2023-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1505-1514