天冬全长转录组测序分析

摘要：

目的:获得天冬Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.全长转录组数据库,为探索其活性成分生物合成提供参考.方法:利用RNA-Seq技术对天冬的根、茎、叶进行转录组测序并分析.结果:从天冬转录组中共获得 169 319 条 isoforms,最终有 147 762 条 isoforms在公共数据库中注释成功.非冗余蛋白(NR)数据库结果显示,天冬与石刁柏 Asparagus officinalis L.同源性最高;真核生物相邻类的聚簇(KOG)功能注释信息334 380 条,可分为 25 个基因功能大类;京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析显示,代谢相关的通路分布最多,为 74 095 条.在注释到的 54 个转录因子家族中,MYB家族数目最多,共 309 条.在所有isoform中共检测到 48 042 个简单重复序列位点,从单核苷酸到六核苷酸重复单元均有分布.结论:获得了较为可靠的天冬全长转录组数据,可为深入研究天冬生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持.

关键词：天冬、全长转录组、代谢途径、转录因子

所属期刊栏目：25

分类号：R282(中药学)

资助基金：广西创新驱动发展专项;广西科技计划项目;对发展中国家科技援助项目

在线出版日期：2023-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1496-1504