广金钱草全长转录组测序分析

摘要：

目的:获得广金钱草Desmodium styracifolium(Osb.)Merr.全长转录组数据,深入挖掘其功能基因.方法:采用PacBio Sequel测序平台,对广金钱草的根、茎、叶 3 个部位混合样品进行全长转录组测序及分析.结果:共获得转录本 140 069 条,N50 长度为 1542 nt,其中 118 906 个(84.89%)转录本被成功注释.非冗余蛋白(NR)数据库注释中,与广金钱草最相近的物种是豆科植物密花豆Spatholobus suberectus Dunn;真核生物相邻类的聚簇(KOG)数据库注释中,比对到一般功能预测的转录本最多,有 18 064 个;基因本体(GO)数据库注释中,86 459个转录本分布于生物学过程、细胞组成和分子功能三大类45个功能组;京都基因与基因组百科全书(KEGG)注释中,参与广金钱草生物合成和其他次生代谢转录本 3721 个.在基因结构分析中,共得到 74 174 个编码序列、3663个转录因子.简单序列重复(SSR)分析表明,40 456 个SSR中腺嘌呤和鸟嘌呤(AG)/胞嘧啶和胸腺嘧啶(CT)、AAG/CTT分别是二碱基、三碱基中优势重复类型.结论:获得了广金钱草全长转录本,为其后续的分子研究提供数据支持.

关键词：广金钱草、全长转录组、基因注释、基因结构

所属期刊栏目：25

分类号：R282(中药学)

资助基金：广西创新驱动发展专项;广西自然科学基金项目;国家自然科学基金;科技基础资源调查专项;对发展中国家科技援助项目;广西农业科技创新联盟项目;广西药用植物保育人才小高地项目

在线出版日期：2023-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1441-1450