香附子全长转录组测序及生物信息学分析

摘要：

目的:通过高通量测序技术获得香附子Cyperus rotundus L.全长转录组的信息特征,为深入挖掘香附子功能基因奠定基础.方法:通过PacBio Sequel高通量测序系统,对香附子根、茎、叶、花 4 个部位的混样进行全长转录组测序及生物信息学分析.结果:共获得 195 722 条环形一致性序列(CCS)获得 188 243 个高质量转录本,并注释了 148 563 个转录本,检测出 4349 个转录因子和 95 118 个简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)位点,还预测到 64 929 个长链非编码 RNA(lncRNA)和 45 337 个 mRNA,并通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据途径分析了 13 个参与萜烯合酶合成相关的基因,以及 7 个参与β-石竹烯合成相关的基因.结论:获得了较为可靠的香附子全长转录组数据,这将显著增强对香附子发育过程中植物化学生物合成调控基础的理解,可为深入研究香附子生物学特性、相关代谢途径、信号通路及分子机制提供数据支持.

关键词：香附子、全长转录组、测序分析、功能注释

所属期刊栏目：25

分类号：R282(中药学)

资助基金：广西创新驱动发展专项;对发展中国家科技援助项目;广西自然科学基金面上项目;中药材产业科技先锋队项目

在线出版日期：2023-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：1428-1440