广州相思子全长转录组测序及分析

摘要：

目的:获得广州相思子Abrus pulchellus subsp.cantoniensis(Hance)Verdc.全长转录本.方法:利用PacBio Sequel测序平台,通过对广州相思子的根、茎、叶 3 个部位混合样品开展三代全长转录组测序,并对测序数据进行生物信息学分析.结果:共获得原始测序数据14.55 Gb,最终获得转录本序列172 829条,N50长度为1572 nt,鸟嘌呤和胞嘧啶(GC)占比为 40.86%.基因注释中,共有 158 888(91.93%)个转录本被成功注释;基因本体(GO)数据库注释中,102 457个(59.28%)转录本分为生物学过程、细胞组成和分子功能三大类 46个功能组;真核生物相邻类的聚簇(KOG)数据库注释中,一般功能预测的转录本最多,为 22 461个;信号转导机制、翻译后修饰、蛋白反转和分子伴侣亦为其主要功能途径;京都基因与基因组百科全书(KEGG)注释到转录本有 99 847 个,其中参与广州相思子生物合成和其他次生代谢有 4530个.基因结构分析中,共得到 92 344条编码序列,4800个转录因子隶属于 59个转录因子家族.此外,简单序列重复(SSR)标记分析表明,40 050处SSR位点中单碱基重复的SSR数目最多,其次是包含腺嘌呤(A)G/C胸腺嘧啶(T)的二碱基重复SSR.结论:获得的广州相思子全长转录组数据可为后续基因功能、代谢通路调控及分子标记开发等研究提供数据支撑.

关键词：广州相思子、全长转录组、功能注释、基因结构

所属期刊栏目：25

分类号：R282(中药学)

资助基金：广西创新驱动发展专项;广西自然科学基金项目;国家自然科学基金;对发展中国家科技援助项目;广西农业科技创新联盟项目;广西药用植物保育人才小高地项目

在线出版日期：2023-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1407-1416