越南槐全长转录组测序及分析

摘要：

目的:获得越南槐Sophora tonkinensis Gagnep.全长转录组数据,为深入挖掘越南槐功能基因提供参考.方法:采用PacBio Sequel高通量测序系统,对越南槐根、茎、叶、果 4 个部位的混合样品进行全长转录组测序及分析.结果:共获得 214 159 条环形一致性序列(CCS),获得 208 156 个高质量 isoforms,并在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt数据库中共注释了 170 150 个isoforms,检测出 4055 个转录因子和 38 445 个简单重复序列,预测到 80 041 个长链非编码RNAs(lncRNAs)和 39 817 个mRNAs.结论:获得了较为可靠的越南槐全长转录组数据,可为深入研究越南槐生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持.

关键词：越南槐、全长转录组、测序分析、功能注释

所属期刊栏目：25

分类号：R282(中药学)

资助基金：广西创新驱动发展专项;广西自然科学基金项目;广西自然科学基金项目;国家自然科学基金;科技基础资源调查专项;对发展中国家科技援助项目;广西科技计划项目

在线出版日期：2023-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：1396-1406