雪峰虫草子座不同生长发育时期的转录组研究

摘要：

目的:挖掘调控雪峰虫草生长发育的相关通路和基因,揭示其子座生长发育的内在分子机制.方法:采用转录组测序技术(RNA-Seq)对雪峰虫草子座菌丝体(MD1)、子座原基(PD2)和子座(SD3)生长发育3个不同阶段进行测序;数据通过非冗余蛋白(NR)、Swiss-Prot、Pfam、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、基因本体(GO)数据库进行功能注释.利用EdgeR软件进行差异表达基因分析,挖掘调控雪峰虫草子座生长发育的相关通路和基因.结果:测序结果显示,MD1、PD2、SD3分别获得了8.15、7.51、6.87 GB分析数据,拼接分析数据共获得34218个转录本,平均长度为5502 bp,组装及去冗余后获得10511条unigenes,平均长度为2470 bp.KOG功能注释和GO富集分析显示,细胞和细胞组分、新陈代谢过程、信号转导及碳代谢是雪峰虫草子座发育过程中的关键基因类别.对子座不同生长发育时期的基因进行差异表达分析发现,PD2和SD3相比差异表达基因最多,其中上调基因1073个,下调基因1036个,MD1和SD3相比差异表达基因最少,上调基因533个,下调基因578个.差异表达基因的KEGG通路富集结果显示,细胞外信号调节激酶(MAPK)信号通路是参与调节雪峰虫草子座生长发育的关键信号通路.结论:Ste2和Gpd1及其所在途径可能分别调控雪峰虫草子座原基的形成和子座的生长.

关键词：雪峰虫草、人工培育、丝状真菌

所属期刊栏目：25

分类号：R282.12(中药学)

资助基金：国家自然科学基金;湖南省自然科学基金项目;中医药公共卫生服务补助专项;中央本级重大增减支项目;湖南省高层次卫生人才225工程培养项目;湖南省科技重大专项

在线出版日期：2023-05-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：523-532