夏枯草转录组SSR位点信息分析

摘要：

目的:分析夏枯草转录组中简单重复序列(SSR)信息,为开发夏枯草新的分子标记奠定基础.方法:使用MicroSAtelite(MISA)软件对转录组序列进行SSR位点搜索并利用Primer3软件设计引物.结果:发现4248条 Unigenes序列中含有5450个SSR位点,发生频率为27.50％,平均每5933 bp含1个SSR位点;二核苷酸、三核苷酸和单核苷酸重复是其优势重复类型,分别占总SSR数量的44.59％、28.44％、24.75％;在夏枯草转录组中共发现160种重复基元,其中以AG/CT比例最高,约25％,其次是A/T,约占夏枯草转录组SSR以5~11次重复为主,其中75.97％的基序长度集中在12～20 bP;共得到4228对SSR位点特异性引物.结论:夏枯草转录组 SSR位点出现频率高、重复类型丰富、密度大、多态性较高,通过对夏枯草转录组资源SSR信息的研究,为进一步开发夏枯草SSR分子标记奠定了基础.

关键词：夏枯草、转录组、SSR信息分析

所属期刊栏目：20

在线出版日期：2018-08-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：29-33,38