白姜转录组中的SSR位点信息分析

摘要：

利用Trinity软件对白姜转录组进行de novo组装,CAP3软件对组装的contig拼接删选;MISA工具对unigene进行SSR检索.从153 724条unigene中共发现16 593个SSR,分布在14 436条unigene序列中,出现频率为9.39％,平均每9.26kb含有1个SSR位点.其中二核苷酸、三核苷酸所占比例最大,分别为37.59％和45.24％;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,占22.47％和11.79％.基序长度主要分布于12～20bp,占总数的85.06％.研究结果表明,白姜SSR位点频率、密度较高,类型多样,在生姜分子标记辅助育种、遗传多样性研究中有较大应用潜能.

关键词：生姜、转录组、SSR、位点信息

资助基金：重庆市基础与前言研究计划项目cstc2015jcyjA80004;重庆市教委科学技术研究项目KJ131214;重庆文理学院引进人才项目R2012LS03

在线出版日期：2016-07-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：171-174