甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征分析

摘要：

马鞍藤(Ipomoea pes-caprae(L.)R.Br.)是甘薯的近缘野生种之一,为热带、亚热带海滩生长的多年生藤蔓植物,作为沿海地区的园林绿化植物之一,具有较强的耐盐性.马鞍藤基因组学的研究可为耐盐甘薯种质创制提供信息参考.本试验调查了马鞍藤基因组大小和特征概况,为后续全基因组精细图谱绘制打下基础.研究以已知基因组大小的三裂叶薯(Ipomoea triloba L.)为对照,运用流式细胞术对马鞍藤基因组大小进行初步预估;使用二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2500)对马鞍藤基因组进行survey评估,测序深度30×,利用生物信息学方法估算马鞍藤GC含量(即鸟嘌呤和胞嘧啶所占比例)、杂合率、重复序列等基因组概况.结果 表明:流式细胞术估算马鞍藤基因组大小为1012.704± 17.37 Mb;经全基因组Survey测定获得马鞍藤有效数据为21.71 Gb,基因组大小经修正后估算为1041.65 Mbp;通过K-mer分布曲线估算马鞍藤基因组中重复序列所占比率为74.52％,杂合率为0.99％;经初步组装后,GC平均深度及含量分布存在异常,出现分层的现象,这可能与马鞍藤基因组杂合率较高有关.本试验首次报导甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征信息,为马鞍藤进一步的全基因组深度测序和甘薯耐盐基因挖掘打下基础.

关键词：马鞍藤、流式细胞术、基因组测序、GC含量、杂合度、重复序列

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资助基金：国家甘薯产业技术体系资源评价岗CARS-10-B1-2017;国家自然科学基金31461143017;国家农作物种质资源平台徐州甘薯平台NICGR-062;江苏省重点研发项目BE2016394

在线出版日期：2019-06-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：728-735