葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析

摘要：

为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析.结果表明,葡萄全基因组上64个SAUR家族成员在19条染色体中的8条染色体上呈现簇状分布,主要分布在3、4号染色体上,其中3号染色体上数量最多为37个;葡萄SAUR家族基因长度较短,有59个基因是无内含子基因;蛋白理化特征分析显示,多数SAUR蛋白呈碱性,结构稳定性较差,蛋白脂溶指数高,呈亲水性;基因功能预测结果表明,葡萄SAUR基因主要担当生长因子、结构蛋白、转录、转录调控以及响应胁迫应答和免疫应答6种功能,其中更多参与生长调节功能;根据系统进化分析将其分为10个分支,另外不同组织表达谱的分析结果表明SA UR基因家族成员具有不同的组织表达模式,对于非生物胁迫具有一定的调节作用.这些信息为葡萄SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础.

关键词：葡萄、SAUR基因家族、系统进化、功能预测、基因表达、定量PCR

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资助基金：江苏省科技支撑计划BE2013431;南京农业大学校青年基金KJ2013013

在线出版日期：2018-05-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：326-337