皂荚EST-SSR分子标记开发与分析评价

摘要：

本研究旨在开发皂荚EST-SSR分子标记,为今后皂荚种质资源评价与分析提供基础.首先通过对已公布的皂荚转录组数据进行拼接得到41003个Unigenes,总长度70.4 Mb,平均长度1716 bp,N50为2533 bp.进一步在7009个Unigenes中检测到8494个EST-SSR位点,其中1200条Unigenes含有2个及以上的SSR位点,复合型SSRs有369个.针对所有EST-SSR位点设计得到6494条特异性引物,随机挑选60个位点进行试验验证与分析,其中44对引物可扩增出特异性片段,17对具有多态性,PIC值范围为0.195 ～0.742,均值为0.501,且大部分多态性位点位于UTR区域.通过对皂荚近缘种进行跨种PCR扩增试验,结果显示在开发的44对有效引物中,9个近缘种美国皂荚、日本皂荚、绒毛皂荚、滇皂荚、华南皂荚、小果皂荚、野皂荚、肥皂荚和美国肥皂荚分别有32、31、23、24、7、40、25、18和18对引物可获得有效扩增片段,说明EST-SSR标记在皂荚近缘种之间具有良好的通用性.研究表明利用转录组数据挖掘的EST-SSR位点具有扩增稳定、多态性良好、近缘种间通用等优点,是林木物种开发分子标记的有效途径之一.

关键词：皂荚、转录组、EST-SSR、多态性、通用性

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资助基金：林业公益性行业专项201204307;国家林木含竹藤花卉种质资源平台2005DKA21003

在线出版日期：2017-03-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：148-154