谷子ARF基因家族的鉴定与生物信息学分析

摘要：

生长素应答因子(ARF,auxin response factors)是一类可以结合在生长素应答基因启动子部位的转录因子,在植物的生长发育中起至关重要的作用.本研究以谷子为材料,共鉴定出24个ARF基因,命名为SiARFs.利用生物信息学对谷子SiARFs基因的结构、染色体分布、基因倍增模式、系统进化以及基因的表达模式进行分析.结果表明,SiARF基因家族在染色体上呈不均匀分布,除2号染色体外,其他染色体上都有该家族基因,基因的扩增模式为分散复制与片段复制.SiARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3 DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域,ARF蛋白的3D结构含有3个α螺旋和7个β折叠结构.进化树分析表明谷子ARF蛋白和物种相近的高粱、玉米聚在一起.大多数ARF基因在谷子根、茎、叶和穗中都有表达,且不同基因表达量有较大差异.

关键词：谷子、ARF、生物信息学分析、蛋白结构

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资助基金：国家科技重大专项2014ZX0800909B;河北省高等学科拔尖人才选拔与培养计划BRZ-234;河北北方学院重大项目ZD201305;河北北方学院作物学重点实验室

在线出版日期：2016-08-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：547-554