甘薯与牵牛EST资源的SSR信息分析

摘要：

为挖掘番薯(Ipomoea)属EST-SSR资源,从NCBI数据库下载23406条甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.) EST和62282条牵牛(Ipomoea nil(L.)Roth) EST,利用生物信息学软件预处理、去冗余、拼接后得到12812条无冗余的甘薯EST(6.70Mb)和28422条牵牛唯一序列(17.19 Mb).对这些序列进行SSR搜索,在甘薯上获得328个SSR位点,出现频率为2.56％；牵牛上筛选到962个SSR位点,出现频率为3.38％.甘薯和牵牛EST-SSR具有多个共同特征:在SSR位点中,主要是二核苷酸重复类型,其次是三核苷酸重复；在二核苷酸重复中,出现最多的重复基序为AG/CT,其次是AT/AT；在三核苷酸重复中,主要基序是AAG/CCT; SSR位点的长度主要集中在20～22 bp.结果表明,搜索出的EST-SSR重复基序类型丰富、多态性潜能高,具有较高的开发和利用价值.

关键词：番薯属、甘薯、牵牛、EST、SSR信息

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资助基金：江西省农业科学院创新基金2012CQN005;现代农业产业技术体系建设专项CARS-11-C-08

在线出版日期：2013-10-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：954-959