卵菌与真菌Argonaute家族基因的生物信息学分析

摘要：

Argonaute蛋白广泛存在于真核生物与原核生物中,可在非编码小RNA或DNA的引导下,对完全匹配或部分匹配的靶标进行切割、翻译抑制或染色体修饰.本研究利用生物信息学对127种卵菌与真菌的基因组进行分析,旨在了解各个物种中AGO家族基因的数量、蛋白结构域、进化关系及转录模式等.结果 发现,大部分卵菌与真菌的基因组中(51％)含有2个AGO基因,而疫霉菌和壶菌等平均含有4个以上.卵菌与真菌的AGO基因在进化上相互独立,多拷贝AGO基因可能是通过基因复制形成;大部分AGO基因具有6个可预测的功能域(即:N端、Linker 1、PAZ、Linker 2、MID和PIWI),并且在PAZ和PIWI功能域上,与核酸5'和3端结合及与催化活性相关的氨基酸位点整体相对保守,仅个别位点存在一定的差异.侵染大豆过程中,大豆疫霉和终极腐霉的两对同源AGO基因具有保守的表达模式,且基因表达水平相对较高,可能具有相似的生物学功能.上述结果将为深入解析AGO介导的RNA干扰机制及生物学功能奠定基础.

关键词：卵菌、真菌、Argonaute基因家族、RNA干扰、生物信息学

所属期刊栏目：50

分类号：S432.1(病虫害及其防治)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金

在线出版日期：2020-04-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：60-67