百合斑驳病毒云南分离物全基因组序列分析及CP结构预测

摘要：

对云南嵩明百合上发生的百合斑驳病毒(Lily mottle virus,LMoV)进行全基因组序列测定及分析,并对LMoV嵩明分离物(LMoV-SMi1、LMoV-SMi2)和玉溪分离物(LMoV-YXi1、LMoV-YXi2)外壳蛋白(coat protein,CP)基因进行序列比较,发现云南的LMoV分为2个类群,玉溪分离物属于种群Ⅰ,嵩明分离物属于种群Ⅱ.2个类群间的核苷酸和氨基酸同源性分别为86.7％ ～89.5％、90.1％ ～92.7％,玉溪分离物和嵩明分离物相比,cp基因发生了3个核苷酸的缺失.对国内外LMoV所有分离物的cp基因氨基酸序列进行系统进化分析,结果表明所有LMoV分离物可划分为2个种群,种群1分离物较种群Ⅱ分离物几乎均存在1个苏氨酸缺失的差异.此外,对LMoV-SMi2的CP相关特性和空间结构进行了初步预测,认为该蛋白为球状,具有较强的表面可能性,不存在跨膜区域,大多数区域能够形成主要的抗原决定簇,主要集中在aa12-22、aa31-42、aa83-99、aa179-191、aa215-223、aa249-259区段,可作为制备抗血清选择抗原的参考.LMoV-SMi2和LMoV-YXi1在二级结构和三级结构上存在一定的差异,但总体空间结构差异不大.

关键词：百合斑驳病毒、基因组、外壳蛋白、特性、结构预测

所属期刊栏目：48

分类号：S432.41(病虫害及其防治)

资助基金：云南省高等学校科技创新团队支持计划;云南省自然科学基金重点项目;国家自然科学基金

在线出版日期：2018-06-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：187-194