基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物

摘要：

目的 基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物.方法 利用基因表达汇编数据库下载结肠癌芯片数据集GSE25070和GSE115313,获取结肠癌组织样本43例、正常结肠组织样本44例,筛选出两个芯片数据集的共同差异基因.构建共同差异基因的蛋白互作网络,采用基因本体论、京都基因和基因组百科全书分析功能和通路.从癌症基因组图谱数据库获取结肠癌组织样本454例,利用R软件对共同差异基因表达水平与结肠癌患者预后的关系作整体分析,筛选出可能的结肠癌预后相关生物标志物.绘制Kaplan-Meier生存曲线比较各个基因高、低表达组患者生存率,采用单因素Cox回归分析结肠癌患者预后的影响因素,以验证结肠癌预后相关生物标志物.结果 筛选得到共同差异基因19个,包括表达上调基因2个、表达下调基因17个;主要存在于肾素分泌和胰腺分泌通路;涉及的生物过程有蛋白质三聚体,细胞成分有细胞外泌体、质膜的整合成分和膜的锚定成分等,分子功能有细胞内钙激活氯离子通道活性、氯离子通道活性.CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物.结论 CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物.

关键词：结肠癌、癌症基因组图谱、基因表达汇编、R语言、生物标志物、预后

所属期刊栏目：45

分类号：R735.2;R573;R319

资助基金：武汉中青年医学骨干人才培养工程59

在线出版日期：2023-04-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：599-602,封3