基于转录组测序构建食管腺癌预后相关的内源竞争RNA网络

摘要：

目的 挖掘食管腺癌中内源竞争RNA(ceRNAs)网络,探索预后影响机制.方法 提取癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中正常食管组织和食管腺癌组织转录组数据,挖掘差异表达且与预后相关的长链非编码RNA(lncRNA)、短链非编码RNA(miRNA)及mRNA.采用权重基因共表达网络分析预后相关基因的关联性,构建ceRNA网络.采用基因集富集分析(GSEA)探索影响预后的可能机制.结果 ACO87388.1、AC131009.3、miR-29c-3p、CDK1、TPX2是在正常组织和食管腺癌组织中预后相关的差异表达基因,并可构成ACO87388.1/miR-29c-3p/CDK1、ACO87388.1/miR-29c-3p/TPX2、AC131009.3/miR-29c-3p/CDK1、AC131009.3/miR-29c-3p/TPX2四种ceRNA调控网络.结论 ACO87388.1、AC131009.3、miR-29c-3p、CDK1和TPX2是影响食管癌患者预后的重要分子.

关键词：癌症和肿瘤基因图谱计划、食管腺癌、内源竞争RNA、基因集富集分析

所属期刊栏目：43

分类号：R734.2;S852.21;S601

资助基金：浙江省实验动物科技计划;湖州市公益性研究项目

在线出版日期：2021-06-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1080-1084,1095,后插4