山东省11株人星状病毒的全基因组序列特征分析

摘要：

目的:了解山东省人星状病毒（HAstV）的全基因组特征。方法:收集山东省2020—2022年急性弛缓性麻痹病例监测系统的粪便标本，采用实时荧光定量PCR检测HAstV核酸，针对阳性标本应用下一代测序技术对HAstV的全基因组序列进行测定和分析，进行型别鉴定，使用BioEdit和Mega软件进行同源性比较和系统发生学分析。结果:共检测了667份标本，14份为HAstV核酸阳性（2.1%），其中HAstV-1基因型6份，MLB1基因型6份，MLB2基因型1份，VA2基因型1份。共有11份标本获得了全基因组序列。其中，6株HAstV-1型本地序列之间的核苷酸相似性为98.2%~99.9%，与其他地区HAstV-1的全基因组序列的核苷酸相似性为87.6%~98.6%；4株MLB1型本地序列之间的核苷酸相似性为99.1%~99.9%，与其他地区的MLB1型全基因组序列相似性为92.2%~99.4%；1株VA2型本地序列与其他VA2型全基因组序列相似性为96.0%~96.3%。基于ORF2编码区的系统发生学结果显示，HAstV-1型本地序列与日本株具有较为密切的亲缘关系，且与基于ORF1a、ORF1b序列的系统发生树拓扑结构不一致。结论:共获得11株HAstV的全基因组序列，并发现了 VA2型序列。

关键词：病毒、基因扩增、人星状病毒、宏基因组测序

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资助基金：山东省自然科学基金面上项目ZR2020MH337;泰山学者工程专项经费资助ts201511105;泰山学者青年专家计划项目tsqn202103187;Fund programs Natural Science Foundation of Shandong ProvinceZR2020MH337;Taishan Scholar Programts201511105;Taishan Scholar Program of Young Expertstsqn202103187

在线出版日期：2024-01-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：40-47