2005-2010年浙江省腮腺炎流行株与疫苗株S79全基因组序列比较分析

摘要：

目的 比较浙江省腮腺炎流行株与疫苗株S79的全基因组序列差异.方法 选择浙江省于2005-2010年分离得到的4株腮腺炎流行株进行研究,分别为ZJ05-1、J06-3、ZJ08-1和ZJ10-1.采用RT-PCR法扩增流行株全基因序列,并与疫苗株S79及其他基因型毒株序列进行比对,计算遗传距离及进行进化分析.结果 4株腮腺炎流行株与疫苗株S79在膜相关蛋白基因上差异率最大,核苷酸平均差异数为42.5±3.0,平均差异率为13.6％,氨基酸平均差异数为12.8±1.5,平均差异率为22.4％；而在基质蛋白基因上的差异率最小,核苷酸平均差异数为73.8±2.5,平均差异率为5.9％,氨基酸平均差异数为3.0±0.8,平均差异率为0.8％.4株流行株的膜相关蛋白基因的dn/ds值最大,已达0.6526,但仍未受到正向压力(dn/ds＜1；x2=0.87,P＞0.05).流行株在已知的抗原表位如膜相关蛋白基因第8位氨基酸,以及血凝素/神经氨酸酶蛋白基因第336与356位氨基酸上均存在变异.与疫苗株相比较,ZJ05-1、ZJ06-3、ZJ08-1和ZJ10-1的糖基化位点各增加了1、1、2和2个.各基因型毒株氨基酸全序列比较表明,F基因型腮腺炎流行株可能存在17个特征性位点.在全基因组上,浙江省腮腺炎流行株与疫苗株的组间遗传距离(0.071)明显大于与云南株的组间遗传距离(0.013),差异有统计学意义(t=4.14,P＜0.05)；除核壳蛋白基因外,其余各个基因构建的进化树均类似.结论 浙江省腮腺炎流行株与疫苗株在各个基因上均已产生了一定的差异.

关键词：流行性腮腺炎、疫苗、基因组、病毒

所属期刊栏目：46

分类号：R1(预防医学、卫生学)

在线出版日期：2012-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：252-257