噬菌体基因组PaP1的鸟枪法测序及其生物信息学分析

摘要：

目的对分离的铜绿假单胞菌噬菌体PaP1进行全基因组测序,并进行初步的生物信息学分析,为噬菌体的改造及其治疗奠定基础.方法采用鸟枪法随机测序和重叠群组装的策略对PaP1进行基因组测序,并通过EditSeq、开放读码框架(ORF)finder、GeneMarkTM、BPROM、FindTerm、Palindromes、Equicktandem及FAStRNA等软件对所获得的基因组序列的一般特征、蛋白质同源性序列及tRNA基因等进行分析和预测.结果PaP1基因组约为90000 bp,其中最大重叠群为28 249bp.在已获得序列中预测出120个ORFs、41个推定基因及9个簇集在5'末端的tRNA基因.在41个推定基因中,预测出编码DNA末端酶大亚单位、DNA解旋酶B亚单位、肽聚糖结合蛋白及3个尾丝蛋白等6个基因的功能.结论鸟枪法只能测出噬菌体基因组PaP1的部分序列,重复序列的存在是该基因组测序困难的原因.

关键词：细菌噬菌体、基因组、假单胞菌、铜绿、生物信息学

所属期刊栏目：22

分类号：R644(创伤外科学)

资助基金：中国科学院资助项目30270065、30300013

在线出版日期：2006-05-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：96-100