应用2种RT-PCR方法检测和分析北京市市场销售牡蛎中诺如病毒基因特征

摘要：

目的:应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法检测和分析牡蛎中诺如病毒的基因特征。方法:应用实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR方法，对2014年11月至2015年10月北京市采集的新鲜市售牡蛎进行诺如病毒GⅠ/GⅡ组并联试验检测，分析检出率，应用符合率和一致性检验（Kappa值）对半巢式RT-PCR方法进行可靠性评价，应用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒GⅠ/GⅡ衣壳蛋白区基因，对阳性产物进行测序。采用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对、Mega 6.0软件构建进化树。结果:72份样品中，实时荧光RT-PCR、半巢式RT-PCR和并联试验的诺如病毒检出率分别为31.94%（23/72）、38.89%（28/72）和48.61%（35/72）。2种方法符合率为73.61%，中度一致（Kappa值=0.43）。测序成功13株诺如病毒，11株（7株GⅡ.17、2株GⅡ.4 Sydney_2012、1株GⅡ.1和1株GⅡ.21基因型）为2种RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本所得；2株（GⅡ.17和GⅡ.3基因型各1株）为半巢式RT-PCR方法检测诺如病毒阳性样本、实时荧光RT-PCR方法检测诺如病毒阴性样本所得。这些毒株与腹泻患者、环境污水和贝类水产品参考株的相似性为84.4%~100.0%。结论:用2种RT-PCR并联法检测牡蛎中诺如病毒，不仅能提高检出率还能获得更多基因型；牡蛎中诺如病毒毒株与人源、环境污水及贝类水产品参考毒株高度同源，应对经常接触牡蛎的人群及相关环境进行诺如病毒监测和防控。

关键词：诺如病毒、实时荧光反转录聚合酶链式反应、半巢式反转录聚合酶链式反应、基因特征、牡蛎

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资助基金：首都卫生发展科研专项2020-2-1011;Capital's Funds for Health Improvement and Research2020-2-1011

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：92-97