环状RNA在慢性HBV感染者不同时期的差异表达及生物信息学分析

摘要：

目的 探讨环状RNA(circRNA)分子在慢性HBV感染者不同时期的差异表达及其作用.方法 收集泰州市人民医院感染病科2014年10月至2015年10月就诊的慢性HBV感染者7例,其中慢性乙型肝炎(CHB)患者4例,慢性HBV携带者3例,3名对照来自健康体检者.采集所有研究对象外周血单个核细胞(PBMC),应用新一代circRNA表达谱芯片检测PBMC中circRNA分子的表达,并通过荧光定量PCR进行验证.采用微小RNA(miRNA)靶预测软件分析circRNA和miRNA的相互作用位点.应用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对其靶向miRNA及调控靶基因进行分析.采用SPSS 17.0软件对数据进行分析.结果 与健康对照者比较,CHB患者表达差异的circRNA分子有137个,其中上调89个,下调48个;慢性HBV携带者表达差异的circRNA分子有444个,其中上调130个,上调5倍以上的有34个,下调314个.CHB患者与慢性HBV携带者相比,差异表达的circRNA分子有1041个,其中上调663个,下调378个,下调超过5倍以上的有54个.差异表达的circRNA上具有miRNA应答元件,可与miRNA种子区域的碱基互补配对.靶基因预测分析显示,hsa_circ_0038646相关miRNA调控的靶基因有533个,hsa_circ_0087354分子相关miRNA调控的靶基因有249个.GO分析显示,hsa_circ_0038646分子相关miRNA调控靶基因的功能主要富集于激活素结合等,hsa_circ_0087354分子相关miRNA调控的靶标富集于犰狳重复区域结合等.KEGG分析显示,hsa_circ_0038646分子相关miRNA主要参与T细胞受体结合途径、雌激素受体信号通路等,hsa_circ_0087354分子相关miRNA主要参与粘附连接、MAPK信号途径等.结论 HBV感染不同时期患者circRNA的表达存在差异,差异表达的circRNA可能通过影响相关miRNA分子的多个靶基因及其信号途径参与慢性HBV感染者的免疫调控.

关键词：肝炎、乙型、慢性、环状RNA、外周血单个核细胞、基因本体分析、京都基因与基因组百科全书分析

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分类号：R5 ;R37

资助基金：中华医学会临床医学科研专项15030150603;泰州市社会发展项目TS201531S pecial Research Project in Clinical Medicine of Chinese Medical Association15030150603;Social Development Project of Taizhou CityTS201531

在线出版日期：2018-01-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：421-427