基于数据挖掘的肝细胞癌肿瘤突变负荷相关性分析

摘要：

目的 研究肿瘤突变负荷(TMB)与肝细胞癌患者预后的相关性,以及TMB对肝细胞癌基因差异表达和肿瘤组织内浸润性免疫细胞占比的影响.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取肝细胞癌患者的体细胞变异数据、基因转录表达数据和临床信息.采用R程序语言(3.6.1版本)maftools函数包分析样本的基因突变数据特征.利用VarScan2平台的肝细胞癌患者全外显子测序数据计算每个样本的TMB值,按TMB值大小排序,取中位值将全部样本分为高TMB组和低TMB组.采用Kaplan-Meier法绘制两组患者生存曲线并进行log-rank检验判断肿瘤突变负荷与预后的相关性.采用R语言Limma函数包筛选两组之间的差异表达基因(FDR=0.05并logFC=1),并采用R语言clusterProfiler函数包对差异基因进行基因本体论(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析(筛选标准均为P＜0.05).然后采用CIBERSORT工具对比分析两组之间浸润性免疫细胞的占比差异.结果 从TCGA数据库中共获取了364例肝细胞癌患者的体细胞变异数据、基因转录表达数据和临床信息.其中327例(84％)样本存在突变,OBSCN与FLG的突变有协同相关性(P＜0.05),而CTNNB1与AXINI的突变相斥(P＜0.05).共363例患者纳入到TMB单因素生存分析中,按TMB值大小排序,按中位值2.9474将全部样本分为高TMB组(182例)和低TMB组(181例),TMB对肝细胞癌患者的预后没有明显影响(P＞0.05).高TMB组和低TMB组之间共筛选出差异表达基因198个(上调基因28个,下调基因170个).GO富集分析中发现差异基因主要富集在细胞外基质组织、细胞外结构组织、细胞外基质、含胶原细胞外基质、细胞外基质结构成分等功能.KEGG富集分析中,差异基因在细胞外基质受体相互作用通路和黏着斑通路上高度富集.两组之间浸润性免疫细胞的占比差异分析,CD4+记忆性T细胞在低TMB组中浸润程度更高(P＜0.05);单核细胞则是高TMB组中浸润程度更高(P＜0.05).结论 TMB和肝细胞癌患者预后没有相关性,TMB对肝细胞癌基因差异表达和肿瘤组织内浸润性免疫细胞占比有明显的影响.

关键词：癌、肝细胞、肿瘤突变负荷、预后

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在线出版日期：2020-04-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：32-37