用生物信息学方法筛选人类和大鼠共同肝癌相关基因

摘要：

目的 应用生物信息学技术,对基因芯片产生的大量数据进行系统地挖掘和分析,筛选在人类和大鼠不同种属间肝癌发生发展过程中起关键作用的共同基因.方法 首先通过文献检索,在GEO数据库中下载符合纳入标准的3套样本基因芯片数据.运用bioconductor和R version的2.10.1版本对已下载数据进行标准化处理,运用软件包affy中的RMA算法对affymetrix平台的原始数据进行背景校正、标准化和log2转换；然后用excel的TTEST函数计算每一个基因的显著性,用DAVID进行探针基因名称转换,建立基因名称与样本对应的表达数据表；最后再进行Meta分析计算人类及大鼠的共同差显基因,并通过DAVID中的KEGG库富集调控通路.结果 共检出人类与大鼠肝癌发生发展过程中的共同表达基因26个,其中5个为上调基因,21个为下调基因；富集出1条通路,即黏附斑通路,已有文献报道其与肝癌的发生发展密切相关.结论 采用生物信息学方法可快速筛选出人类与大鼠肝癌发生发展过程中的共同关键基因以及与肝癌发生发展密切相关的通路.

关键词：生物信息学、肝癌、跨种属、相关基因、筛选

所属期刊栏目：18

分类号：R256.4(中医内科)

资助基金：国家自然科学基金30960332;30960428;广西科学研究与技术开发计划项目桂科能0842009;桂科攻0993003C-13;广西医科大学医学科学实验中心开放基金KFJJ2010-45

在线出版日期：2012-12-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：696-699