基于抗体的特发性炎性肌病患者外周血基因表达谱分析

摘要：

目的:通过对抗黑色素瘤分化相关基因5（MDA5）抗体阳性和抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者外周血单个核细胞（PBMCs）进行基因表达谱的分析，以阐明特发性炎性肌病亚型的病理生理学机制。方法:①用Illumina HT-12 v4表达谱芯片对12例抗MDA5抗体阳性和16例抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者及43名健康对照者的PBMCs进行基因表达谱筛查和分析。应用非配对
t检验，经Benjamini-Hochberg校正，选取基因表达信号倍数变化的绝对值≥2且校正
P<0.05为差异表达基因。将差异基因集进行基因本体论数据库（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，以
P<0.05作为显著性富集的阈值。②用实时荧光聚合酶链反应（real time-PCR）对差异表达基因进行验证，采用Kolmogorov-Smirnov检验对连续型变量进行正态性检验，符合正态分布且方差齐性，采用单因素方差分析，不符合正态分布则用Kruskal-Wallis检验，
P<0.05为差异有统计学意义。
结果:①分析抗MDA5抗体和抗Jo-1抗体阳性患者PBMCs的基因表达谱，发现2种肌炎亚型患者PBMCs的基因表达存在明显差异。抗MDA5抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因为407个，GO功能富集分析主要富集于固有免疫应答（
P<0.001）、病毒应答（
P<0.001）和干扰素应答（
P<0.001）等生物过程，KEGG通路富集分析主要富集于病毒感染相关通路（
P<0.001）、视黄酸诱导基因Ⅰ（RIG-Ⅰ）样受体通路（
P<0.001）和Toll样受体通路（
P=0.002）等。抗MDA5抗体阳性组中特异性下调的259个差异基因，GO功能富集分析主要富集于免疫应答（
P=0.006）、TGF-β受体信号通路（
P=0.010）和自然杀伤细胞介导的免疫（
P=0.015）等生物过程。抗Jo-1抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因有162个，GO功能富集分析主要富集于核小体组装（
P<0.001）、细胞增长的负调控（
P=0.001）、凋亡负调控（
P=0.004）和黏膜固有免疫（
P=0.012）等生物过程，KEGG通路富集分析主要富集于代谢相关信号通路（
P<0.001）和免疫相关通路（
P<0.001）等。②Real time-PCR证实与健康对照组相比RIG-Ⅰ样受体通路中的干扰素诱导的解旋酶C结构域1（IFIH1）（
P=0.037）、干扰素刺激基因15（
P<0.001）和DEAD（Asp-Glu-Ala-Asp）盒多肽58（DDX58）（
P=0.032）以及人单核细胞趋化蛋白1（MCP-1）（
P<0.001）、人单核细胞趋化蛋白2（MCP-2）（
P<0.001）和转录因子人碱性亮氨酸拉链转录因子激活蛋白1家族样转录因子2（BATF2）（
P<0.001）、炎症信号通路相关的髓样分化因子88（MYD88）（
P<0.001）在抗MDA5抗体阳性肌炎患者的PBMCs呈高表达。
结论:抗MDA5抗体阳性患者PBMCs基因表达谱特征提示其发病机制与固有免疫应答、病毒应答和干扰素应答等生物过程密切相关。

关键词：肌炎、自身抗体、基因表达谱、芯片分析技术、干扰素刺激基因、RIG-Ⅰ样受体

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资助基金：国家自然科学基金82070018;National Natural Science Foundation of China82070018

在线出版日期：2024-01-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：15-21