利用公共数据深入挖掘食管鳞状细胞癌候选肿瘤抑制基因

摘要：

[目的]自20世纪90年代开始,人们利用杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)技术寻找引起食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)癌变的肿瘤抑制基因.但除了TP53 、CDKN2A等以外,目前很多高频LOH区域的抑癌基因仍未发现.随着近年来生物学信息公共数据库的建设发展,有必要重新筛选分析ESCC中的潜在抑癌基因.[方法]利用Pubmed检索1991～2012年间的食管癌LOH文章,整理信息,综合考虑LOH频率和文献重复鉴定次数后,利用Circos软件绘制并确认了ESCC中高度可信LOH热点区域.对每一区域,利用人类基因组数据库、肿瘤抑制基因数据库和人类蛋白质图集数据库分析其中的候选抑癌基因.[结果]基于85篇针对ESCC的LOH相关文献,共确定10个ESCC高度可信LOH热点区域,主要累及3p、5q、9p、13q、17p、17q等染色体臂.基于3个公共数据库的分析,在每个区域中均确定了一个以上的候选抑癌基因,其中很多基因从未在ESCC中受到关注.[结论]综合考虑文献中对LOH区域的可重复鉴定性可避免原始文献质量和样本选择偏倚等的干扰.利用公共数据库深入挖掘ESCC中的候选抑癌基因,为后续选择合适的靶基因开展深入的表达和功能分析提供了理论依据.

关键词：食管癌、肿瘤抑制基因、公共数据库

所属期刊栏目：22

分类号：R735.1(肿瘤学)

资助基金：国家863高技术研究发展计划2012AA020206;国家自然科学基金81071789

在线出版日期：2013-07-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：481-492