异核苷掺入DNA:DNA双链体系的分子动力学模拟研究

摘要：

目的 研究异核苷的掺入对DNA:DNA双链的结构特征以及杂交热稳定性的影响.方法 对含有16个碱基序列的DNA:DNA杂交双链d(T)16:d(A)16(Do:D)以及异核苷isoT掺入的两条杂交双链D1:D和D2:D分别以标准A型和B型双螺旋结构为起始模型,进行了4 ns时间内水溶液中的分子动力学模拟研究.并在此基础上进行结构分析以及结合自由能的计算.结果 D0:D、D1:D和D2:D三条杂交双链都发生了A型向B型结构的转化,得到了B型的稳定构象;Watson-Crick氢键结构都保持得很好,并且彼此之问没有大的差别;D1:D和D2:D的骨架结构和螺旋参数值与正常双链相比有一定的差别,特别是在异核苷掺入部位;结合自由能计算结果与实验值相吻合.结论 异核苷的掺入使DNA杂交双链的结构变得不规整,碱基堆积作用降低,杂交热稳定性下降.并且异核苷位于中间位置时引起的结构变化大于异核苷位于3'-末端时.三条DNA双链结合自由能的不同主要来自于静电相互作用的不同.

关键词：分子动力学模拟、异核苷、骨架结构、螺旋参数、结合自由能

所属期刊栏目：18

分类号：R914(药物基础科学)

资助基金：国家重点基础研究发展计划项目973项目.2004CB518904

在线出版日期：2008-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：161-169