鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB靶基因筛选和验证分析

摘要：

为筛选鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB的靶基因,本研究利用TargetRNA2程序分别预测鼠伤寒沙门菌中能与GcvB R1、R2和R3功能基序完全或部分碱基互补的靶基因,结果显示,分别预测到与GcvB R1、R2和R3功能基序具有强相互作用的靶基因共16个,所有基因均能产生与匹配功能基序至少7个连续碱基互补配对(p＜0.05).进一步基于同源重组技术分别构建敲除R1、R2和R3功能基序的鼠伤寒沙门菌gcvB△R1、gcvB△R2和gcvB△R3菌株,并通过荧光定量PCR检测经预测靶基因在其匹配的功能基序敲除菌株、gcvB基因敲除菌株以及野生型菌株中转录水平的变化.结果 显示,鼠伤寒沙门菌gcvB△R1、gcvB△R2和gcvB△R3菌株分别被敲除了功能基序R1、R2和R3,且未留下冗余序列;STM1856、metF、mltC和sbp基因在gcvB基因或gcvB R1基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200％;ybbP和speG基因在gcvB基因或gcvB R2基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200％;ampH、gshA和aroF基因在gcvB基因或gcvB R3基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200％.以上结果表明,16个预测靶基因中,STM 1856、metF、mltC、sbp、ybbP、speG、ampH、gshA和aroF基因在转录水平上受小RNA GcvB的正调控,其对STM1856、metF、mltC和sbp基因的调控与GcvB R1功能基序存在显著关联(p＜0.05);其对ybbP和speG基因的调控与GcvB R2功能基序存在显著关联(p＜0.05);其对ampH、gshA和aroF基因的调控与GcvB R3功能基序存在显著关联(p＜0.05).本研究为进一步探究小RNA GcvB在鼠伤寒沙门菌中的调控机制提供了参考依据.

关键词：鼠伤寒沙门菌、小RNA、同源重组、荧光定量PCR

所属期刊栏目：42

分类号：S852.61(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;贵州省科技厅联合资金项目贵州大学2017年度学术新苗培养及创新探索专项;贵州省科技厅基金;贵州省研究生教育创新计划项目

在线出版日期：2020-10-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：753-759