两株2.1d新基因亚型猪瘟病毒的全基因组序列分析及其基因亚型分子特征

摘要：

为研究猪瘟病毒(CSFV)2.1d新基因亚型的基因组特征,本研究根据GenBank中登录的Zj0801株CSFV全基因组序列设计合成6对引物,通过RT-PCR方法对2014年分离自山东的两株2.1d亚型CSFV(SDSG1410和SDLS1410)进行全基因组测序,两株CSFV全长均为12 296 nt.全基因组遗传演化分析表明这两个分离株位于一个独立分支中,属于2.1d亚型,与E2基因分型结果一致.核苷酸和推导氨基酸同源性分析显示,分离株全基因组同源性与参考株相比差异较大,与Zj0801株的全基因组同源性最高为97.3 ％～97.5％,而与1.1亚型的Shimen和HCLV株的同源性仅为85.0 ％～85.1％和84.3 ％～84.4％;部分基因和非翻译区变异较大,如Npro、C、E2、NS2、NS5A和3'UTR.对全基因组氨基酸序列分析,结果显示2.1d亚型CSFV在V640、K992、A1020、M1090、R1395和D2374 6处氨基酸上具有共同的分子特征.以上研究结果增加了CSFV 2.1d新基因亚型的分型依据.

关键词：猪瘟病毒、2.1d亚型、分子特征

所属期刊栏目：38

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金31001050/C1803

在线出版日期：2016-03-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

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