基于扩展MDR方法的生存数据的特征选择

摘要：

目的 对比分析Surv-MDR、Cox-MDR、Cox UM-MDR和KM-MDR四种用于识别生存分析中SNP位点交互作用的算法,为寻找影响患者生存时间的交互SNP位点时算法的选择提供理论指导.方法 使用R 4.0.5完成四种算法以及模拟实验代码的编写,并使用ggplot2包绘制功效对比图;探索实际数据集上影响患者生存时间的交互SNP位点,并使用survminer包绘制相应的生存曲线.结果 在不同最小等位基因频率、遗传度下四种方法的效能不同.Cox-MDR受协变量影响最大;Surv-MDR和KM-MDR功效相近且整体表现最好,且KM-MDR具有更好的稳定性;CoxUM-MDR功效强于Cox-MDR但受删失比例影响最大;在真实数据集上,Cox UM-MDR和Surv-MDR识别出了同一个有意义的一阶交互项,Cox-MDR和KM-MDR未能识别出有意义的交互项.结论 当不存在协变量时,CoxUM-MDR、Surv-MDR和KM-MDR功效都明显高于Cox-MDR,不宜选用Cox-MDR;当存在协变量且删失比例不高时,Cox-MDR功效高于其他三种方法,宜选用Cox-MDR;但随着删失比例的增加,宜选用CoxUM-MDR或Surv-MDR.

关键词：单核苷酸多态性、多因子降维、生存分析、降维

所属期刊栏目：39

分类号：R195.1(保健组织与事业（卫生事业管理）)

资助基金：黑龙江自然科学基金项目;国家自然科学基金

在线出版日期：2022-12-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：663-668