基因表达对膀胱癌生存结局的预测:稀疏与混合Cox模型的实证比较研究

摘要：

目的 研究稀疏Cox(coxlasso)与混合Cox模型(coxlmm)在全基因表达数据中对膀胱癌预后的预测表现.方法 通过计算一致性指数(C-index)评价两种模型在膀胱癌全基因表达数据中(TCGA,GSE31684和GSE13507)的预测精度,同时在混合Cox模型中将膀胱癌的生存方差划分为临床(PCE)和转录组(PGE)两部分.结果 当TCGA数据集为训练集时,coxlmm预测能力(C-index=0.676)高于coxlasso(C-index=0.655),两者在外部验证集的C-index分别为0.527和0.534.当三个合并数据集为训练集时coxlmm(C-index=0.671)比coxlasso(C-index=0.650)的预测精度提高2.1％.当GSE31684为训练集时,coxlmm(C-index=0.553)比coxlasso(C-index=0.550)的预测精度提高0.3％,两个模型在外部验证集上的C-index分别为0.632和0.633.生存方差划分表明膀胱癌的临床贡献高于转录组的贡献(PCE=14.95％,PGE=10.88％).结论 成功构建了一种用于膀胱癌的预后预测的coxlmm模型,揭示了整合全转录组信息可在一定程度上提高膀胱癌预后预测能力.

关键词：线性混合模型;Cox模型;基因表达;预后预测;膀胱癌

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分类号：R737.14(肿瘤学)

资助基金：江苏省自然科学基金资助项目;教育部人文社会科学研究项目;中国博士后科学基金特别资助项目;一等资助项目;江苏省六大人才高峰项目;徐州市社会发展项目;江苏省高校青蓝工程优秀青年骨干教师项目;徐州医科大学博士后科学基金资助项目;徐州医科大学青年科技创新团队培育计划资助项目

在线出版日期：2022-03-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：25-30