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2014-2016年我国江苏地区猪流行性腹泻病毒S基因的序列分析

引用
2010年以来,猪流行性腹泻给我国养猪业造成了严重的经济损失.为分析PEDV在我国最新的遗传变异情况,本研究对2014-2016年江苏地区20株PEDV野毒株的S基因进行克隆和测序,并对其遗传进化、序列变化、抗原表位等情况进行分析.遗传进化树显示,所测的PEDV毒株可分为G1、G2两大分支,12株流行野毒株位于G2b分支上,8株属于Gl群S-Indel型,而与疫苗毒株亲缘关系较远.序列对比发现,氨基酸变化主要集中于S1区N端,所测毒株JSCZ1601出现了特异性的缺失.20株毒株的核苷酸(氨基酸)同源性为95.1%~99.8% (94.6% ~99.9%),与我国流行毒株AH2012、疫苗毒株Attenuated DR13、欧美毒株CV777的同源性为95.5% ~ 99.3% (94.6% ~ 99.0%)、93.5% ~ 96.0% (92.5%~96.3%)、93.6% ~ 95.8% (93.0% ~ 96.5%).表位分析表明,主要变异位于COE、SS2区域,两个线性表位(SS6和against 2C10)相对保守;跨膜螺旋区域的预测得知毒株之间存在部分差异.这些结果表明,江苏省流行的PEDV毒株发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发.

猪流行性腹泻病毒、S基因、序列分析

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S855.3(动物医学(兽医学))

国家重点研发计划2016 YFD0500101;江苏省农业科技自主创新资金CX151056

2018-11-19(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)

共5页

8-11,15

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中国兽医杂志

0529-6005

11-2471/S

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2018,54(6)

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国家重点研发计划资助 课题编号:2019YFB1406304
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