2017-2019年猪德尔塔冠状病毒广西流行毒株遗传多样性分析

摘要：

为了解广西壮族自治区猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)流行毒株的遗传变异情况,采集2017-2019年广西各地病猪腹泻病料,采用RT-PCR方法检测PDCoV,并对阳性样品进行扩增、测序,共获得S、M、N基因序列各16株.同源性分析显示,S、M、N基因核苷酸序列同源性在广西流行毒株之间分别为95.8％～99.9％、95.9％～100％和97.9％～99.9％,在广西流行毒株与国内外参考毒株之间分别为95.1％～100％、95.0％～100％和96.3％～99.9％.序列比对显示,广西流行毒株S1蛋白区域存在氨基酸序列的突变及插入,不同流行毒株之间存在一定差异.基于S、M、N基因核苷酸序列绘制遗传进化树,获得相似的拓扑结构图,均可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三个群,Ⅰ群毒株来自美国、日本、韩国等,Ⅱ群毒株来自中国,Ⅲ群毒株来自中国、越南、老挝、泰国等;广西流行毒株主要分布在Ⅱ群,个别毒株分布在Ⅲ群,部分毒株单独形成一个小分支.遗传进化速率计算显示,广西流行毒株及国内外参考毒株S、M、N基因的平均进化速率为2.57×10-4、2.07×10-4、1.70×10-4 substitutions/site/year,S基因进化速率最快.结果 表明,PDCoV广西流行毒株间S、M、N基因序列存在遗传变异现象,具有遗传多样性.

关键词：猪德尔塔冠状病毒、S基因、M基因、N基因、遗传多样性

所属期刊栏目：50

分类号：S852.659.6(动物医学（兽医学）)

资助基金：广西壮族自治区科技重大专项;广西水产畜牧科技项目;广西壮族自治区农业科技项目

在线出版日期：2020-10-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：1147-1158