基于特征的核酸序列数据库搜索系统

摘要：

随着后基因组时代的到来,建立生物数据库并且在其上开发各种分析工具进行数据分析和挖掘,已经成为了生物学研究的一种新方法.目前国际上流行的通过序列比对搜索相似序列的方法主要是针对短的序列,将这样的方法应用于大规模基因组序列时搜索速度很慢.针对基因组序列搜索的特点,从提高序列搜索效率出发,提出了一种新的、速度更快的搜索方法,其核心是通过序列特征的分析和比较搜索相似序列.在此基础上,建立了基于特征的序列数据库搜索系统,并利用序列的碱基关联性特征搜索人类基因组序列,结果表明,新搜索方法具有较高的命中率,并且搜索速度非常快,适合于大规模基因组序列的搜索.

关键词：基因组、数据库、序列特征

所属期刊栏目：25

分类号：R318(医用一般科学)

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划2002AA231071;国家自然科学基金60121101;江苏省自然科学基金BK2002057

在线出版日期：2007-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：694-699