利用全基因组序列优化气单胞菌脉冲场凝胶电泳分型方法
目的 对气单胞菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法从限制性内切酶的选择和电泳条件设置上进行优化,减少片段共迁移,使片段在电泳中分布均匀且利于分析.方法 利用6个种的气单胞菌的全基因组数据,通过BioEdit软件对基因组序列进行677种酶的限制性片段分析,选择产生片段数量适宜的、有效片段比例高的酶作为备选酶.对片段长度取以10为底的对数作为自变量,以片段在泳道中的相对迁移距离作为应变量,计算片段长度-相对位置拟合公式,并模拟备选酶的电泳效果图.利用气单胞菌分离株对备选酶进行试验验证,确定PFGE分型方法,并用其对腹泻分离株进行分型应用.结果 经BioEdit分析,根据片段数量及有效片段比例,PmeⅠ、PacⅠ、SwaⅠ比XbaⅠ更适合于气单胞菌的分型.从PFGE模拟效果及分离株试验验证看,PacⅠ、PneⅠ的限制性片段的分布比XbaⅠ和SwaⅠ更均匀,片段重叠更少.最终确定PmeⅠ、PacI分别为气单胞菌PFGE分型的首选酶和次选酶,脉冲场电流转换时间为2.16～63.8 s.16株腹泻分离株PFGE分型辛普森多样性指数为99.17％.结论 优化的PFGE方法使用PmeⅠ、PacⅠ作为气单胞菌PFGE分型的限制性内切酶,该方法产生的片段数量与分布都优于XbaⅠ,在腹泻分离株的分型中能获得良好的分辨率.此研究提供的优化程序可用于其他细菌PFGE方法的建立或优化.
气单胞菌、脉冲场凝胶电泳、限制性内切酶、全基因组序列、食源性致病菌、分型
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R155(营养卫生、食品卫生)
上海市第四轮公共卫生三年行动计划高端海外研修团队培养计划GWTD2015S01;“十三五”国家传染病防治科技重大专项2017ZX10103009-003
2018-03-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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