青海省海西州鼠疫自然疫源地分离鼠疫菌株CRISPR基因分型研究

摘要：

目的 利用DNA规律聚集簇间隔短回文重复序列(Clustered regularlyinter-spaced short palindromic repeats CRISPR)分型方法,全面探索海西地区分离鼠疫菌株是否存在新的基因型,为鼠疫菌溯源鉴定及流行病学分析提供理论依据.方法 分离培养海西地区1961-2009年间取自鼠疫患者、媒介昆虫及中间宿主的50株鼠疫菌后提取其DNA,利用PCR技术,对鼠疫菌CRISPR分型中的YPa、YPb、YPc 3个位点进行扩增,测定其扩增产物核酸序列并进行分析,将测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和NCBI数据库进行比对,找出新的CRISPR spacer阵列,基因型别,分析其进化关系,最终确定青海省海西州喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌株的CRISPR基因库.结果 50株鼠疫菌在3个CRISPR位点上共有24种spacer,其中YPa位点上有13种、YPb位点8种、YPc位点3种,b51是新发现的spacer.50株鼠疫菌可被分为16个基因型,共归为6大CRISPR类群.Ca35'是该地区主要流行类群;Ca7是流行最为广泛的类群;Cb4和Cb4'仅存在于格尔木唐古拉地区.结论 青海省海西州地区鼠疫菌种群结构复杂,Ca35'、Ca7、Cb4'是流行最普遍的种群,G26-a1'型、G22型、G9型、G26-a1'a4-为主要基因型,呈现显著的地区分布特征,今后可以利用CRISPR基因分型技术加强该地区鼠疫溯源检测和防控工作.

关键词：规律聚集簇间隔短回文重复序列、鼠疫菌、基因分型、青海省海西州

所属期刊栏目：39

分类号：R378.6(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

在线出版日期：2023-09-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：665-669