羊粪便中克罗诺菌分离与种鉴定分析

摘要：

目的 分析散养羊粪便中克罗诺菌的分离与种鉴定,为克罗诺菌相关风险研究奠定基础.方法 采集北京市某区农村地区散养羊粪便标本,参考GB 4789.40-2016标准进行克罗诺菌分离培养;对疑似菌株进行全自动生化鉴定、16S RNA全长序列比对分析以及菌株基因组测序.基于基因组序列,进行菌株基于基因组的平均核苷酸一致性(ANI)分析以及多位点序列分型(MLST)分析;对核实鉴定后的克罗诺菌使用肉汤稀释法进行15种抗生素敏感性检测.结果 共采集129件羊粪便标本,其中获得26株疑似菌株.不同鉴定方法鉴定结果不完全一致.ANI分析结果显示26株菌中14株菌为克罗诺菌,分别属于4个菌种(阪崎克罗诺菌、丙二酸盐克罗诺菌、苏黎世克罗诺菌、都柏林克罗诺菌),14株克罗诺菌中8株为苏黎世克罗诺菌,样本克罗诺菌的检出率为10.85％(14/129).1株阪崎克罗诺菌的分型为ST40,2株丙二酸盐克罗诺菌的分型分别为ST7和ST201,3株都柏林克罗诺菌分为2个亚型,其ST型别分别为ST809、ST810和ST666.8株苏黎世克罗诺菌分别为ST25(3株)、ST811、ST813、ST814(2株)和ST815.14株克罗诺菌对检测的抗生素均为敏感.结论 本地区散养羊携带阪崎克罗诺菌及其它克罗诺菌菌种病原菌.全自动生化鉴定及基于16SrRNA序列分析鉴定对于克罗诺菌的鉴定可能存在错误.

关键词：克罗诺菌、菌种鉴定、基因组测序、平均核苷酸一致性、分子分型、抗生素敏感性

所属期刊栏目：39

分类号：R378(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

在线出版日期：2023-08-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：539-544