16株军团菌全基因组比较及重要毒力因子分析

摘要：

目的 运用生物信息学方法,分析军团菌参考菌株全基因组序列,了解军团菌基因组特征,比较不同菌株间的毒力因子、耐药基因以及种系发生,为进一步研究军团菌基因组流行病学、遗传进化提供数据.方法 选择NCBI公共数据库中基因组序列完整、背景清楚、不同来源(临床、外环境)和不同种的代表性军团菌16株,运用开源基因组数据分析平台RAST、MAUVE、VFDB、CARD等进行生物信息学分析.结果 16株参考菌株基因组大小在(3.13～4.23)Mbp,编码基因(CDSs)3 018～3 954个,划分为265～387个亚系统.同种军团菌基因组结构基本相同,非嗜肺军团菌(非LP)不同菌株之间基因组结构差异大,同时存在较多非保守区域.嗜肺军团菌血清Ⅰ型(LP1)和米克戴德军团菌(L.micdadei)各属于1个种系进化主分枝,LP1细分为3个小分枝.临床分离的LP1携带的毒力因子类别和数量最多.菌株YU237缺失Dot/Icm T4BSS分泌系统,其余参考菌株都具有分泌系统的4种毒力因子,临床分离的LP1携带的T4BSS效应蛋白毒力因子数量为31～35个,其它参考菌株3～5个.16株参考菌株都携带有adeF耐药基因,部分菌株携带有LpeA、LpeB、FEZ-1耐药基因.结论 不同种的军团菌基因组存在差异,而种内相对保守;相对于临床分离株,外环境非LP不同菌株基因组种间差异大.LP1军团菌存在遗传分化现象.毒力因子种类和数量跟LP1军团菌的致病力相关,特别是T4BSS效应蛋白.全基因组生物信息分析技术,可以对可能的耐药基因进行预测,为临床治疗提供辅助参考,同时可以解析病原菌的遗传和功能特征.

关键词：军团菌、参考菌株、全基因组、生物信息分析

所属期刊栏目：38

分类号：R378(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：重庆市教委科学技术研究项目;重庆市科卫联合医学科研项目;重庆医药高等专科学校校级项目

在线出版日期：2023-01-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：854-861