两种高通量测序平台应用于不同SARS-CoV-2变异株的对比研究

摘要：

目的 利用Illumina MiSeq和Oxford Nanopore高通量测序平台对河南省新型冠状病毒肺炎(CO VID-19)确诊病例的上呼吸道样本进行全基因组测序,为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组监测工作提供参考.方法 收集河南省2021年6月至2022年1月共10份COVID-19确诊病例的上呼吸道样本,分别采用二代和三代测序技术进行测序,获得SARS-CoV-2全基因组序列,运用生物信息学软件CLC Genomics Workbench(CLC)进行序列比对分析.结果 与武汉参考株(Wuhan-Hu-1)相比,10份样本中3份属于Omicron(BA.1)变异株,核苷酸变异位点55个和61个;1份属于Alpha(B.1.1.7)变异株,核苷酸变异位点41个;6份属于Delta(B.1.617.2)变异株,核苷酸变异位点35个、42个和47个.二代测序识别碱基变异位点的准确率更高,6份样本的二代和三代测序变异位点100％同源,7份样本S基因编码区共享一致数目的变异位点.Ct值＜33的样本,Illumina MiSeq平台和Oxford Nanopore平台均能获得较高的基因组覆盖度和测序深度.二代测序和三代测序覆盖度差异有统计学意义(t =-2.037,P＜0.05);三代测序不同时间覆盖度差异无统计学意义(F=2.498,P＞0.05).结论 两种高通量测序平台均能满足SARS-CoV-2变异株的检测需求,Illumina MiSeq平台对SARS-CoV-2变异位点识别更精准;Oxford Nanopore平台可用于SARS-CoV-2的快速鉴定分型.

关键词：高通量测序、Illumina、Nanopore、覆盖度、变异位点

所属期刊栏目：38

分类号：R373.1+9(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：新型冠状病毒防控应急攻关首批项目;河南省中青年卫生健康科技创新领军人才培养项目;河南省医学科技攻关计划项目

在线出版日期：2022-11-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：771-777