新型冠状病毒Omicron变异株密码子偏爱性及其进化分析

摘要：

目的 分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株各蛋白密码子偏爱性的变化,探索Omicron与其他关切变异株(Variant of Concern,VOC)密码子偏爱性的差异及进化关系.方法 从NCBI SARS-CoV-2数据库中收集标准株Wuhan-Hu-1及5种VOC全基因组编码序列,使用EMBOSS子程序CUSP、MEG A 11.0、Codon W等分析软件进行相关密码子偏爱性数据的计算,通过SigmaPlot 14.0、SPSS22.0等软件进行数据统计分析并绘图.结果 Omicron变异株ENC均值为46.05±7.80,其S、E、ORF1ab、ORF1a蛋白编码基因密码子较其他VOC使用偏性减弱.相比Wuhan-Hu-1,Omicron关键蛋白RSCU与人类基因密码子更接近.基于密码子使用偏性的聚类分析结果显示,Omicron毒株S、ORF1a蛋白密码子与其他VOC毒株变异最大.结论 新现Omicron变异株S、ORF1ab等关键蛋白的密码子偏爱性减弱,密码子使用模式较Wuhan-Hu-1 更接近人类基因,可能是其感染效率增加的原因.

关键词：SARS-CoV-2、Omicron变异株、聚类分析、系统发育、密码子偏爱性

所属期刊栏目：38

分类号：R373.1(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;大理大学创新团队项目;云南省教育厅科学研究基金

在线出版日期：2022-09-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：559-565,576