纳米孔测序技术鉴定陕西省首例马尔尼菲青霉菌感染病例

摘要：

目的 对1例严重感染性疾病进行病原学检测,查明感染来源,为临床诊断治疗提供依据.方法 调查了解患者流行病学史、临床症状及体征,开展一般实验室检测.提取患者血样核酸,利用基于纳米孔测序的宏基因组分析技术,查询病原线索;利用真菌ITS通用引物、马尔尼菲青霉菌PCR以及利什曼原虫、组织荚膜胞浆菌PCR引物进行鉴别;对患者血样进行真菌双相培养确诊.结果 患者曾有不洁同性及异性性交史,常去东南亚地区旅行,临床症状及体征符合HIV感染表现,HIV初筛及确证实验为阳性,利什曼原虫抗体阴性.利用纳米孔测序仪MinION实际测序时间3.5h,共获得84000条Reads,序列长度均值7088.7 base,最长为87471 base,最短为562 base,总数据量为495 Mb.将basecalling所获数据上传EPI2Me,以WIMP workflow分析,有63617条为人类基因组数据,13条马尔尼菲青霉菌序列;真菌ITS扩增测序结果鉴定为马尔尼菲青霉菌,马尔尼菲青霉菌PCR结果阳性,组织荚膜胞浆菌PCR阴性;真菌双相培养在25℃为霉菌样菌落,37℃为酵母样菌落,经鉴定均为马尔尼菲青霉菌.结论 该患者为中国陕西省首次报道的HIV合并马尔尼菲青霉菌感染病例,基于纳米孔测序的宏基因组分析技术可做为临床疑难感染性疾病快速诊断的一种指示方法.

关键词：感染性疾病;纳米孔测序;马尔尼菲青霉菌

所属期刊栏目：37

分类号：R379(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：陕西省科技资源开放共享平台项目No.2016FWPT-12

在线出版日期：2021-10-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：851-857