期刊专题

10.3969/j.issn.1002-2694.2020.00.092

基于RNA-seq分析戊型肝炎病毒感染HepG2细胞后的差异表达基因

引用
目的 研究戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)感染人肝癌细胞HepG2前后,HepG2细胞的相关基因表达变化,为初步探索HEV在宿主细胞内感染机制及致病机理奠定基础.方法 对HEV感染组HepG2细胞和对照组HepG2细胞的RNA进行高通量测序(RNA-seq技术),利用生物信息学方法对测序数据进行分析,对感染组和对照组的差异表达基因进行筛选、功能注释和通路富集分析.结果 以基因表达差异倍数在2倍及以上为标准,从感染组与对照组共筛选出差异表达基因132个,其中,感染组相比于对照组,上调表达基因127个,下调表达基因5个.Gene Ontology(GO)功能富集分析注释结果显示,差异表达基因主要富集在病毒防御反应、固有免疫应答、病毒基因组复制的负调控及干扰素应答等过程;主要行使RNA结合、蛋白结合、调节解旋酶活性、NAD+ ADP-核糖基转移酶的活性等分子功能.利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与甲型流感、单纯疱疹感染、麻疹、C型肝炎、RIG-I样受体信号通路、病毒致癌、乙型肝炎、Toll样受体信号通路、胞质DNA传感通路、趋化因子信号转导通路和细胞凋亡等通路.结论 通过功能及通路筛选,发现DDX58、STAT1、CXCL8、STAT2、TLR3、CXCL10、EIF2AK2、IRF9和IFIH1等基因可能在HEV感染抗病毒免疫过程中发挥重要作用.

HEV、HepG2细胞、RNA-Seq测序、差异表达基因

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R373.2(医学微生物学(病原细菌学、病原微生物学))

湖北省卫生计生委科研项目;武汉市卫生计生委科研基金重点项目

2020-11-20(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)

共8页

813-820

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中国人兽共患病学报

1002-2694

35-1284/R

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2020,36(10)

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