基于 RNA-Seq 的羊种布鲁氏菌新转录本与非编码 RNA 鉴定

摘要：

目的：对羊种布鲁氏菌的转录本进行测序，鉴定基因组中新的转录本和非编码RN A。方法提取羊布鲁氏菌的总RNA ，去除rRNA后连接接头逆转录成cDNA ，PCR扩增后进行测序，以羊布鲁氏菌16M的基因组序列为参照对测序得到的reads进行比对作图，通过生物信息学方法进行新转录本和非编码RN A的鉴定。结果测序数据分析显示，reads在基因组上覆盖度较好。与现有注释基因相比，有773个基因的5′或3′端在基因组的原有位置基础上发生了延伸，并发现了16个新的转录本。根据测序结果，共鉴定出241条候选的非编码RNA （sRNA ），进一步的RT‐PCR验证结果显示，预测的sRNA在体外条件下有表达。结论布鲁氏菌基因组中存在除了预测以外的新的转录本，布鲁氏菌中存在非编码RN A且在不同条件下有差异表达。

关键词：布鲁氏菌、RNA-Seq、转录组、sRNA

分类号：R378.5(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家自然科学基金81171530;北京市科技新星资助项目Z131102000413062;北京市自然基金项目6122030Supported by the National Natural Science Foundation of China．81171530;the Beijing Novo Program． Z131102000413062;the Natural Science Foundation of Beijing．6122030

在线出版日期：2015-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：216-221