基于生物信息学分析微小隐孢子虫含WD40结构域的蛋白功能

摘要：

目的 对微小隐孢子虫中含WD40结构域的蛋白进行生物信息学分析,分析该蛋白家族的WD40结构并预测其功能,为微小隐孢子虫基因功能的研究提供一定的基础理论.方法 通过隐孢子虫基因组数据库收集数据,获得微小隐孢子虫含WD40结构域蛋白家族的序列信息,搜索每个蛋白的CDD结构域并进行NCBI BLAST比对分析,确定为WD40结构域家族蛋白,分析结构域并预测功能.结果 在C.parvum Iowa Ⅱ中共搜索到50个含有WD40结构域的蛋白,其中cgd1_1930、cgd5_740和cgd4_3360含有CAF1C_H4-bd超家族结构,可能参与DNA修复和DNA复制过程;cgd4_260含有ACE1-Sec16-like超家族,可能参与囊泡的形成和物质运输;cgd1_2600含有TAF5 NTD2结构域,可能参与蛋白与蛋白的相互作用.结论 在微小隐孢子虫中,WD40蛋白家族不仅可能单独发挥作用,而且还能通过相互辅助、结合发挥其生物效应.

关键词：微小隐孢子虫、WD40结构域、生物信息学分析、功能预测

所属期刊栏目：30

分类号：R382.3(医学寄生虫学)

资助基金：国家自然科学基金30901249,81101267;广东省自然科学基金10151063201000036,S2011010002526;暨南大学科研培育与创新基金21612426;the National Natural Science Foundation of China.30901249 and 81101267;the National Natural Science Foundation of Guangdong Province.10151063201000036 and S2011010002526;the Foster Research and Innovation Foundation of Jinan University21612426

在线出版日期：2014-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：583-587