两株不同毒力EV71全基因组序列测定及分析

摘要：

目的 了解济南市2008年EV71的流行和变异情况,寻求潜在的EV71毒力决定位点.方法 采用分段扩增的RT-PCR方法 对EV71 JN200803和JN200804株的基因组全长进行扩增、测序.对两株EV71的全基因组核苷酸、氨基酸序列进行比较,对非编码区进行RNA二级结构的预测和分析,并对VP1区和全基因组进行遗传进化分析.结果 EV71 JN200803和JN200804株的基因组全长分别为7 405 nt和7 404 nt,编码区没有核苷酸的插入和缺失,全基因组序列的组成和结构均符合肠道病毒71型的特征.JN200803和JN200804全基因组有106个核苷酸突变,编码区98个,非编码区8个,编码区多数属于同义突变,仅造成16个氨基酸突变.遗传进化分析显示,EV71 JN200803和JN200804株与2008年国内其他流行株同属C4亚型的C4a进化分支,与Fuyang/17.08/1株进化关系最近.结论 2008年济南市流行的EV71属于C4a亚型,济南分离株的毒力决定位点不但具有非单一性,而且具有较为独特的济南区域特点.

关键词：EV71、毒力、全基因组、序列分析

所属期刊栏目：28

分类号：R373.2(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家自然科学基金资助项目81000720;山东省自然科学基金资助项目ZR2011HQ030

在线出版日期：2012-06-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：413-417